Al cambiar el modo de ejecución de Apache en Virtualmin, para aumentar el tiempo de ejecución de los scripts, veo que no se ejecutan los archivos php, saca el código por pantalla.
La solución la encuentro en este hilo del foro de Virtualmin, en resumen:
Abrir el archivo /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf y «descomentar» las 2 líneas de SetHandler
Ahora ya reiniciar Apache y solucionado.