Es recomendable guardarse una copia del archivo original antes de modificar nada.
Archivo /etc/mysql/my.cnf
Configuración para equipos con 512MB de ram
thread_cache_size=50
key_buffer=40M
table_cache=384
sort_buffer_size=768K
read_buffer_size=512K
read_rnd_buffer_size=512K
thread_concurrency=2
Configuración para equipos con 1GB de ram
thread_cache_size=80
key_buffer=150M
table_cache=512
sort_buffer_size=1M
read_buffer_size=1M
read_rnd_buffer_size=768K
thread_concurrency=2
Por supuesto, después de editar el fichero /etc/mysql/my.cnf hay que reiniciar o recargar mysql:
/etc/init.d/mysql reload o /etc/init.d/mysql restart
He encontrado esta configuración del archivo /etc/my.cnf para que mysql funcione mejor. Me ha parecido muy interesante, así que la he copiado aquí para tenerla a mano. La página donde lo he extraido es: instalar apache mysql que a su vez lo extrajo de http://foro.elhacker.net, su autor es el-brujo. El texto está bajo esta licencia de Creative Commons.